各大学の地上局のインターネットを利用して遠隔で操作することが，無線設備の利用規則に抵触する可能性が指摘されてい た。CubeSatの運用ではアマチュア帯の電波を利用するが，アマチュア無線では第三者通信（他人の依頼によって通信を行うこと）を禁じられている。インターネット経由による遠隔で無線設備を利用する場合，この項目に抵触するのではないかという指摘であった。

2004年，この問題について大きな転換があった。2004年1月13日より、電波法関係審査基準の改正され、アマチュア局の無線設備を遠隔で操作する場合の項目に、「インターネットの利用による遠隔操作を行う場合」についての必要要件が明記され、GSNのシステムの根幹となるインターネット経由の遠隔操作が規則に抵触しないことがあらためて確認された形となった。
なお、インターネットの利用による遠隔操作のためには、「無線局事項書の参考事項欄に遠隔操作が行われること及びその方法を記載」の必要があるとされており、GSN参加各局はその記載を行う必要がある。

文献
総務省, "アマチュア局へのデジタル通信方式の導入等に関する意見募集の結果"
報道資料, 平成15年7月31日